Via de Europese Habitatrichtlijn en de Natuurbeschermingswet zijn alle vleermuizen in Nederland beschermd. Een belangrijke soort in Nederland is de Meervleermuis. Deze heeft in het verleden veel te maken gehad met o.a. kerkrenovaties, en geschikte verblijfplaatsen verdwijnen nu door isolatie. Nederland biedt plaats aan naar schatting 10% van de wereldpopulatie Meervleermuizen: het zwaartepunt ligt in Fryslân, Noord- en Zuid-Holland en de Kop van Overijssel. Een aantal Natura 2000-gebieden is aangewezen met als doelstelling om voldoende foerageergebied te bieden voor de soort.
In 2005 heeft Altenburg & Wymenga met Batweter, met de inzet van vrijwilligers, onderzoek gedaan naar Meervleermuizen in Fryslân om meer kennis te verkrijgen over de soort. In opdracht van de provincie Fryslân is in de zomer van 2017 een actualisatie uitgevoerd, waarbij verblijfplaatsen, vliegroutes en foerageergebieden zijn onderzocht. Daarvoor zijn onder meer exemplaren gezenderd. In Vara’s Vroege vogels is aandacht aan het onderzoek besteed en ook op de website van de Provincie is aandacht aan het onderwerp geschonken.
Een kolonie Meervleermuizen. Foto Johann Prescher