In 2005 heeft A&W in samenwerking met de Zoogdiervereniging VZZ in opdracht van de provincie Fryslân en het ministerie van EZ (voorheen EL&I) in Fryslân een onderzoek uitgevoerd naar de Meervleermuis. Doel was het vergroten van de ecologische kennis voor een betere bescherming van de soort. Meervleermuizen bleken een voorkeur te hebben voor gebieden met een rijke oevervegetatie bestaand uit riet en wilgen, afgewisseld met open water. Door Meervleermuizen te vangen op de trekroute en te voorzien van een zender konden individuele trekroutes in kaart worden gebracht tussen verblijfplaatsen en foerageergebieden.
Daarnaast zijn 20 nieuwe verblijfplaatsen gevonden. Het aanbrengen van experimentele verlichting langs vaste trekroutes bleek een verstorend effect te hebben op de Meervleermuizen. Een groot gedeelte van de dieren bleek om te keren vóór de lichtbundel en een lager percentage van de dieren foerageerden in het licht vergeleken met in het donker. Het onderzoek geeft aan dat voor een gezonde populatie van Meervleermuizen het van het grootste belang is dat het gehele netwerk van verblijfplaatsen, verbindingsroutes en foerageergebieden beschermd worden. Opmerkelijk was dat tijdens het veldwerk ook het voorkomen van Tweekleurige vleermuizen werd vastgesteld.